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NCBI와 Ensembl 데이터 병합

NCBI와 Ensembl 데이터 병합



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이것이 정말 순진한 질문이라면 죄송합니다. 그러나 나는 이것을 쉽게 하는 방법을 알아낼 수 없습니다. 다음은 종의 이종 상동 유전자를 찾는 가장 좋은 방법에 관한 관련 게시물입니다.


Ensembl에서 다운로드한 단백질 정렬이 있다고 가정해 보겠습니다(예: 이 Ensembl 트리에서 가져옴).

이 유전자는 내 트리에 포함시키고 싶은 다른 "NCBI 종"에 존재합니다(예: 스테가스테스 파르티투스, 사용 가능한 게놈이 있고 NCBI 데이터베이스에 있지만 아니다 Ensembl 데이터베이스). 과연 내가 만약 수동으로 폭발 한모금 의 단백질 서열 D. 레리오 (내 Ensembl multifasta 단백질 정렬에서 추출) nr 구문 분석된 데이터베이스 S. 파르티투스, 첫 번째 폭발에 해당하는 이 시퀀스를 찾습니다. 완벽한! 그리고 나는 할 수있다 수동으로 내 초기 단백질 트리에 추가합니다.

문제가 시작되는 곳은 내가 가지고 있지 않다는 것입니다. 하나 유전자와 하나 NCBI 종 그러나 많은 그들 중 (말해보자NS유전자와NNCBI 종). 저는 이미 Ensembl protein multifasta 파일을 가지고 있습니다.NS유전자.

내 질문은 다음과 같습니다. 내 각각에 추가하는 쉬운 방법이 있습니까?NSmultifasta 파일에 대한 해당 상동 단백질 서열(들)N"NCBI 종"?

어떤 통찰력을 주셔서 감사합니다!


비디오 보기: Viewing TrackHubs in Ensembl (팔월 2022).